"Hermanas y hermanos, parto rumbo a México, agradecido por el desprendimiento del gobierno de ese pueblo hermano que nos brindó asilo para cuidar nuestra vida", publicó Morales a las 21:29 locales (01:29 GMT del martes) en su cuenta de la red social Twitter.
Un avión del Gobierno de México fue enviado hasta la región productora de coca de Chapare, en el centro de Bolivia, a recoger a Morales.
La partida de Morales se produjo mientras Bolivia estaba sumida en un vacío de poder y una ola de violencia en ciudades y carreteras, con bloqueos callejeros persistentes por parte de activistas cívicos que participaron en la insurrección y marchas de seguidores del exgobernante, incluidos campesinos e indígenas, que provocaban pánico en las ciudades.
"Me duele abandonar el país por razones políticas, pero siempre estaré pendiente. Pronto volveré con más fuerza y energía", añadió el depuesto gobernante.
Más tarde, el avión de la Fuerza Aérea Mexicana en el que viaja Morales aterrizó en Asunción, la capital de Paraguay, en una escala técnica.
Según el periódico paraguayo ABC, la aeronave se desvió a Paraguay después de que las autoridades de Perú denegaran la entrada al espacio aéreo del país andino.
La Asamblea Legislativa Plurinacional (parlamento) tiene previsto sesionar el martes 12, si lo permite la mayoría controlada por el partido de Morales, para conocer oficialmente la renuncia presidencial y tratar de designar en su sucesión a la senadora opositora Jeanine Áñez.