También se precisa que 86 personas resultaron heridas durante los enfrentamientos.
"Veintiocho personas murieron en Wamena y cuatro en Jayapura", dijo el agente de policía, Ahmad Mustofa Kamal.
Previamente se informó de al menos 27 fallecidos y 77 heridos.
Kamal precisó que cientos de manifestantes incendiaron el 23 de septiembre 150 tiendas, 80 casas y varios edificios gubernamentales, lo que obligó a unas 3.000 personas a abandonar sus viviendas y alojarse en refugios temporales.
Los agentes de las fuerzas de seguridad protegen a los evacuados para prevenir los posibles ataques contra ellos, precisa.
Según The Jakarta Post, las autoridades bloquearon los servicios de internet en Jayapura y Wamena.
A finales de agosto, el Gobierno indonesio envió refuerzos militares y policiales a varios distritos de las provincias de Papúa y Papúa Occidental para contener los brotes del separatismo y los violentos disturbios.
El detonante de las protestas fueron varios vídeos, publicados en internet, que mostraban a policías y soldados soltando insultos racistas a estudiantes papúes en la isla de Java.
El gobernador de Papúa, Lukas Enembe, hizo un llamado a los estudiantes para que cesen los disturbios.
En un intento de atajar los ánimos separatistas, Enembe reafirmó que Papúa es parte de Indonesia y aconsejó a los jóvenes que "no sean víctimas porque sueñana con la independencia".