Otras 14 personas no tienen signos de vida y 14 más siguen desaparecidas, según las autoridades.
Algunas horas antes, NHK informó de al menos 16 muertes confirmadas y 17 más, pendientes del dictamen médico, además de 13 desaparecidos.
Entre las víctimas hay 14 internos de una residencia de mayores de Kuma, en la que medio centenar de personas quedaron atrapadas a causa de las inundaciones.
El 4 de julio, las lluvias descargaron hasta 400 litros por metro cuadrado en algunas regiones del suroeste de Japón, anegando varias zonas residenciales y causando el desbordamiento de dos ríos en 11 lugares.
En las prefecturas de Kumamoto y Kagoshima se decretó la evacuación de 320.000 personas.
Unos 10.000 militares de las Fuerzas de Autodefensa de Japón se desplegaron en la zona para ayudar en las labores de rescate a la policía y a los bomberos.