Uno de los incidentes tuvo lugar cerca de la capital ecuatoguineana, Malabo, donde los piratas atacaron el barco Rio Mitong.
"Había tres civiles a bordo; el electromecánico, de nacionalidad rusa, fue secuestrado. Dos personas fueron hospitalizadas con heridas", dijo el portavoz.
La legación diplomática, según él, no ha podido aún ponerse en contacto con los secuestradores.
Los dos heridos, también nacionales de Rusia, permanecen ahora en el Centro Médico La Paz, en Malabo.
Los atacantes habrían usado escaleras para abordar y secuestrado a dos miembros de la tripulación, un ruso y un ucraniano, supuestamente.
Según el sitio web MarineTraffic, el carguero Rio Mitong navega bajo la bandera de Islas Comoras.
El representante de la embajada rusa se refirió asimismo a otro incidente reportado por Dryad Global, el abordaje de la motonave Djibloho.
"Según la información preliminar, dos tripulantes de nacionalidad rusa pudieron haber sido secuestrados", dijo.
La motonave Djiblojo es un buque de investigación ecuatoguineano que estaba anclado en el puerto de Luba, según MarineTraffic.
En su página de Facebook, la legación rusa en Yaundé publicó que "los piratas no han formulado hasta el momento ninguna demanda".
"La Embajada mantiene un contacto permanente con las autoridades competentes de Guinea Ecuatorial y con representantes de la empresa propietaria" del Djiblojo.