Hasta el momento, los bomberos han confirmado en declaraciones a la prensa la muerte de al menos 13 personas, a las que podría sumarse hasta una docena más, en estado de "parada cardiorrespiratoria", el eufemismo que se utiliza en Japón hasta que los médicos certifiquen la defunción.
Varias personas más, hasta 18, no pudieron ser contactadas, pero no estuvo claro si todas habían acudido a trabajar.
El canal NHK News, en su cuenta de Twitter, publicó que el incendió causó al menos 30 heridos, incluyendo unos diez graves.
Hasta que un médico constate la defunción, los medios japoneses utilizan el eufemismo de "parada cardiorrespiratoria" para definir el estado de las víctimas.
Por su parte, el periódico The Mainichi señala que hubo una explosión en el estudio número uno de la empresa Kyoto Animation.
El incidente tuvo lugar hacia las 10:30 hora local (GMT+9).
Los informes preliminares apuntan a que un hombre entró en la instalación, roció un líquido que parecía ser gasolina y prendió fuego.
Los bomberos todavía están luchando contra el incendio que, según los datos disponibles en este momento, no ha provocado daños a las casas adyacentes.
Fundada en 1981, la empresa Kyoto Animation (KyoAni) tiene sede en Uji, una localidad situada al sur de Kioto.
El estudio, con una plantilla de 155 empleados, ocupa tres pisos y tiene una superficie total de 700 metros cuadrados.
El primer ministro de Japón, Shinzo Abe, publicó en su cuenta de Twitter que la desgracia le dejó "sin palabras".
El político deseó una pronta recuperación a los heridos y dijo que reza por que los difuntos descansen en paz.