Antes se informó que unas 24 personas podrían haber fallecido por el incendio.
"Hay 28 muertos y más de 50 heridos", dijo la fuente.
Según los datos preliminares, el fuego se produjo en la locomotora tras la colisión con otro tren o plataforma.
El edificio de la principal estación de trenes en El Cairo ha sido evacuado; quedó suspendida la comunicación ferroviaria en el área.
En el lugar operan bomberos y médicos.
Una fuente en el Ministerio del Transporte de Egipto comunicó a Sputnik que el tren, que llegó de Alejandría, chocó con algún obstáculo al ingresar en el andén, lo que provocó un incendio.
"Como resultado, se desató un incendio en la locomotora, que se extendió instantáneamente al primer vagón con el compartimiento de combustible y luego a los vagones de pasajeros", dijo la fuente.
La mayoría de los muertos y heridos son personas que se encontraban en el andén.