"Los muertos son nueve, entre ellos tres maquinistas y seis pasajeros", precisó el ministro.
Poco antes, el gobernador de la capital turca, Vasip Sahin, informaba de siete víctimas fatales y 46 heridos.
El incidente ocurrió hacia las 6.30 de la mañana (3.30 GMT).
"El convoy chocó con una locomotora de maniobras que no debía estar en esa vía", dijo Vasip Sahin.
El gobernador añadió que hay una investigación en marcha.
Los heridos fueron trasladados a varios hospitales de Ankara.
En la escena están trabajando equipos del servicio de emergencia, bomberos, y rescatistas médicos.
Un portavoz de la empresa ferroviaria turca TCDD dijo a Sputnik que las salidas de todos los trenes de alta velocidad de Ankara fueron suspendidas, puesto que el accidente ocurrió en un tramo común para todas las direcciones.
Por el momento se desconoce cuándo se va a reanudar la circulación de convoyes, añadió.